机械电子工程专业于2006年开始招收本科生，专业贯彻学校“技术立校，应用为本”的办学方略，紧密围绕国家智能制造发展战略和上海先进制造业的人才需求，致力于培养以机电技术应用能力为主线，以工业机器人应用为特色，面向智能制造、高端装备制造领域的机械电子复合型技术应用型人才。专业2011年获批上海高校内涵建设“085”工程重点专业，2015年获批上海市高校应用型本科试点专业，2020年获批上海市一流本科专业建设点，2022年通过工程教育专业认证。所属的机械工程学科被列为上海市高原学科、校高峰学科，具有机械硕士学位、机械工程硕士专业学位授权点。