软件工程专业的前身是计算机科学与技术专业，2007年上海市教委批准建立软件工程专业，并面向全国招生。在学校中长期改革发展规划中，本专业被列为优先发展的专业，专业2016年获批上海市属高校应用型本科试点专业，2020年进入上海市一流本科专业建设点，2022年7月通过中国工程教育认证。