自动化专业2007年开始招生，2011年向社会输送第一批本科毕业生。专业贯彻学校“技术立校，应用为本”的办学方略和“面向高端装备制造业及生产性服务业”的定位，依托上海自贸区临港新片区“高端装备制造”和“人工智能”两个产业集群以及电气装备制造行业优势，培养解决自动化相关问题的“现场应用工程师”。专业2011年获批上海高校内涵建设“085”工程重点专业建设项目、2015年获批上海市属高校应用型本科试点专业、2017年获上海市示范性全英语专业称号，2019年获上海市一流本科专业建设点，2025年入选工信部产教融合专业合作建设试点。